Chociaż Palmer zaprzecza swoim związkom z kościołem scjentologicznym, twierdząc, na przykład, że miał zanim kontakt przez krótki czas, kiedy prowadził badania naukowe w ramach swojej pracy, zarówno sam Harry Palmer, jak I jego partnerka, Avra Honey-Smith studiowali filozofię scjentologiczną przez wiele lat I osiągnęli wysoki stopień wtajemniczenia. Od 1974 do 1984 roku Harry Palmer oficjalnie prowadził misje Kościoła Scjentologicznego w Elmira, w stanie Nowy Jork.
W 1975 roku misja w Elmira zaczęła działać oficjalnie jako Elmira Mission of the Church of Scientology i w następnym uzyskała licencję na wykorzystywanie scjentologicznych znaków handlowych i towarowych, których właścicielem był L. Ron Hubbard. W zamian Palmer odprowadzał 10% dochodów misji tytułem dziesięciny dla kościoła scjentologicznego.
Sześć lat później Hubbard przekazał swoje prawa do znaków handlowych kościoła scjentologicznego organizacji Religious Technology Center, utworzonej przez kościół scjentologiczny specjalnie dla posiadania i ochrony znaków towarowych. RTC natychmiast podniosło opłaty licencyjne. 9 września 1982 roku Palmer podpisał nową umowę, zgadzając się na podwyżkę opłat z tytułu wykorzystywania znaków na 15% dochodów misji, a także na ponoszenie wszelkich dodatkowych opłat.
Kiedy w listopadzie 1984 roku Palmer zaprzestał wnoszenia wszelkich opłat, kościół scjentologicznyn złożył przeciw niemu i misji Elmira pozew o naruszenie praw handlowych. Kościół wygrał sprawę po apelacji i sąd ustalił warunki ugody. Mniej więcej w tym czasie Palmer rozpoczął produkcję materiałów związanych z ruchem Avatar, w tym Thoughtstorm Manual.
28 lutego 1998 (w czasie trwania sprawy, która przegrał ze swoim byłym pracodawcą, rozpatrywanej przez Stanowy Sąd Pracy) Palmer zmienił nazwę "Kościół Scjentologiczny, Misja Elmira, (…) utworzonej 11 marca 1987, zgodnie z orzeczeniem Sądu Federalnego, na Centrum Twórczego Myślenia (the Center for Creative Learning)".
Oryginalne materiały ruchu Avatar wykorzystują w znacznym stopniu terminologię scjentologiczną. Harry Palmer sprzedawał je innym scjentologom, twierdząc, że zawierają "sprawy ostateczne" oraz, że "obejmują cały most scjentologiczny (? – Scientology Bridge) , ścieżkę buddyjską i sięgają znacznie dalej". Wiele terminów scjentologicznych używanych jest do dziś, jak na przykład "Rundown" – upadek, Indentites – tożsamości, czy handling – manipulacja, a wiele kursów oferowanych przez Avatar ma takie same tytuły (np. Integrity Course czy Professional Course).
Ponadto, podobieństwa w praktykach, strukturze, tajemniczości I doktrynie przedstawianej na wyższych poziomach spowodowały, że wielu europejskich komentatorów nazywa organizowane przez Palmera kursy Avatar "lekką scjentologią" (ang. Scientology-lite), nawiązując do określenia użytego po raz pierwszy przez amerykańskiego dziennikarza Roahna Wynara.
